AFFILIAZIONE
università degli studi magna graecia
AUTORE PRINCIPALE
Dr Zaffino Paolo
VALUTA IL CHALLENGE
GRUPPO DI LAVORO
Dr Zaffino Paolo – università degli studi magna graecia, catanzaro
Gallo Alessia – università degli studi di catanzaro (al tempo dello studio), catanzaro
Timpano Giuseppe – università degli studi magna graecia, catanzaro
Prof.ssa Spadea Maria Francesca – università degli studi magna graecia, catanzaro
AREA TEMATICA
Innovazione (processi, prodotti, servizi)
ABSTRACT
Lo scopo di questo lavoro è stato quello di implementare un software per l’elaborazione di immagini ottenute da acquisizioni con microscopio, CellService.
Il software presenta tre finestre di lavoro che consentono il caricamento, il processamento e l’analisi delle immagini.
Per il caricamento delle immagini, il software consente di scegliere se importare l’immagine a RGB o se importare i singoli canali e consente l’utilizzo di diversi formati delle immagini.
In termini di versatilità, il software permette inoltre la scelta personalizzata delle operazioni di elaborazione delle immagini. A tale scopo, è stata progettata infatti una finestra dedicata al processamento di immagini composta da tre widget che consentono l’applicazione di diversi metodi utili: 1) un primo widget “Binarize” consente la binarizzazione dell’immagine, permettendo quindi di separare tutto ciò che rappresenta il contenuto biologico di interesse dallo sfondo. La binarizzazione dì si basa su diversi metodi di sogliatura utili a tale scopo, ovvero la possibilità di utilizzare una singola soglia, due soglie o un metodo automatico utile per la determinazione veloce di una soglia ottima; 2) il secondo widget “Post Processing” è dedicato invece all’applicazione di differenti operazioni morfologiche binarie, quali rimozione di rumore e altre operazioni di rifinitura della segmentazione, quali erosione, dilatazione, apertura e chiusura; 3) Il terzo widget “Additional Options”, infine, contiene operazioni aggiuntive utili in ambito di analisi, ovvero la possibilità di rispariare tempo effettuando su tutti i canali presenti delle operazioni definite una volta sola e la possibilità di utilizzare il risultato del processing di un canale specifico per filtrare quelli rimanenti.
L’implementazione delle diverse funzioni dedicate all’elaborazione permette l’analisi oggettiva di immagini microscopiche, resa possibile grazie all’utilizzo di una finestra dedicata. Una volta processata l’immagine, infatti, basterà accedere alla finestra dedicata all’analisi per ottenere l’estrazione di dati di interesse in maniera semplice e veloce. CellService è un software completamente open source, il cui codice sorgente è presente sulla piattaforma GitHub, ed è quindi possibile accedervi a questo indirizzo: https://github.com/pzaffino/CellService.
